如果放冰箱保存，可以放置較長時間，存放前不宜用水沖洗，可以用保鮮袋或膜包起來再放，與辣椒等分開放置，既可防止微生物侵入蛋黃，就不會造成污染，並且避免直接暴露在空氣裏。如果將糯米蛋從冰箱中拿出，要儘快食用。因爲在沒有冷藏條件的時候，它們的強烈氣味會通過蛋殼上的氣孔滲入雞蛋中，小水滴中的細菌和微生物會很快透過蛋殼深入蛋液內層，要馬上食用， 不可再久置或再次冷藏。
