醃製好的鹹鴨蛋需要密封保存，存放在乾燥、陰涼的地方，這樣可以保證鹹鴨蛋兩三個月不變質。日常生活中，還可以把熟鴨蛋做真空處理，能保證鴨蛋放比較長的時間。
鹽水醃製的鹹鴨蛋，煮熟前不宜長期浸泡在醃製罐裏，把生鹹蛋拿出煮熟並晾乾後可以再放回到鹽水裏，這樣可以保存時間更長。
如果是包泥醃製的鹹鴨蛋，這樣的只要是不去掉泥巴，可以保存更久的時間。
鹹鴨蛋在保存的時候要遠離高溫環境，如果是夏天比較熱的時候，可以放進冰箱冷藏室裏存放，注意不要冷凍，因爲冷凍過的鹹鴨蛋十分難吃。
如果是冬季比較冷，這個時候可以將其存放在乾燥通風的地方，不要存放在太陽暴曬處，選擇陰涼的地方最好，比如廚房儲藏櫃頂部，樓梯下面。
另外，鹹鴨蛋雖然可以保存很久，但是這種食物儘量不要存放太久，不然食物的口感會發生變化，十分影響我們的使用感。
