所屬、形狀、用途均不同。
1、所屬科目不同：
草寇別名：海南山姜、小草蔻、土砂仁、假砂仁。姜科、山姜屬植物，爲姜科植物豔山姜的果實。
肉蔻爲植物界、被子植物門、雙子葉植物綱、木蘭目。別名：肉果、玉果、迦拘勒、豆蔻、頂頭肉等。
2、形狀不同：
草寇葉片帶形，長22-50釐米，寬2-4釐米，頂端漸尖並有一旋卷的尾狀尖頭，基部漸狹，兩面均無毛;無柄或因葉片基部漸狹而成一假柄。
肉蔻葉互生，革質，長橢圓形，先端銳尖，全緣，葉面暗綠色。總狀花序，腋生，花單性，異株，花冠黃白色。果實梨形，淡黃色或橙黃色，成熟時縱裂成兩瓣，露出緋紅色的假種皮，稱爲“豆蔻瓣”，內含種子1枚，稱“肉豆蔻”。
3、用途不同：
草寇有開胃等作用，也常用做調料。
肉蔻常做草藥，對嘔吐，食積腹痛有一定療效。
