農田土地使用證的辦理程序如下：一、土地登記申請。需要提交以下資料：1、土地登記申請書。2、土地使用權利人身份證或戶口冊複印件。3、土地使用的權屬證明材料。4、初始登記頒發的土地證書。5、建設用地批准書。6、批准用地繳稅費發票或罰款收據複印件。二、地籍調查。國土資源所派員進行地籍權屬調查。三、權屬審覈。地籍調查符合規定的在20個工作日內給予辦理並報縣級人民政府審查批准。四、登記發證。縣級人民政府登記造冊，核發證書，確認使用權。
