個人劃撥土地使用證的辦理方式是：1、原土地使用權人應當持有關材料，向市、縣國土資源管理部門提出劃撥土地使用權轉讓申請；2、受理和審查；3、地價評估；4、集體確定應繳出讓金，擬訂出讓方案；5、方案報批，發出准予轉讓通知書。【法律依據】根據《城市房地產管理法》第四十條，以劃撥方式取得土地使用權的，轉讓房地產時，應當按照國務院規定，報有批准權的人民政府審批。有批准權的人民政府准予轉讓的，應當由受讓方辦理土地出讓手續，並依照國家有關規定繳納土地出讓金。
