辦理房屋的土地使用權證的程序是：1、由用地者到市國土資源局地籍科填寫土地登記申請書；2、由國土資源局派人到實地調查，全面覈實土地登記申請的內容；3、由國土資源局專職人員對申請登記的土地權屬性質、用途權屬來源等進行審覈；4、填寫土地登記卡、土地歸戶卡等；5、申請人憑身份證和土地使用登記收件單，領取土地使用證。【法律依據】根據《土地管理法實施條例》規定，國家依法實行土地登記發證制度。依法登記的土地所有權和土地使用權受法律保護，任何單位和個人不得侵犯。
