南京醫科大學有以下較好的專業：1、臨牀醫學專業，是一門實踐性很強的應用科學專業；2、口腔醫學專業，就業選擇較多，前景較好；3、康復治療學專業，該專業人才越來越爲社會所需要；4、預防醫學專業，該專業就業領域較廣；5、醫學影像學專業，該專業學生畢業後可在醫療衛生單位從事醫學影像診斷、介入放射學和醫學成像技術等方面的工作。
