主要有：第一臨牀醫學院、第四臨牀醫學院、基礎醫學院、護理學院、醫政學院、公共衛生學院、藥學院、口腔學院、外國語學院、國際教育學院、康達學院、繼續教育學院等。南京醫科大學江寧校區位於江寧大學城東北部，背靠東山鎮，東鄰寧杭高速公路、高速鐵路,北側是天元路、104國道，西側是大學城60米景觀大道。附近有寧杭高速、繞越公路出口；地鐵一號南延線出口(位於正大門)和江寧長途汽車站，距離南京火車南站約10公里，交通便捷。校區呈長方形，佔地約1470畝。
