南京醫科大學爲充分體現以人爲本，以學生爲中心的現代教育理念，實行柔性化學籍管理，調動學生自主學習的積極性，營造有利於人才成長的學習環境，從實行個性化培養的教育理念出發，給學生以更多的選擇機會，對已經取得我校正式學籍，進入全日制普通高等教育本科就讀的學生，學校根據學生學習興趣，學習能力和特長，原則上允許學生調整主修專業。轉專業工作每年4月，由學校教務處組織；轉專業的基本原則是堅持公開，公平，公正的原則，嚴格遵循規則與程序，統一考試，雙向選擇，宏觀控制，做到政策透明，計劃透明，結果透明，轉專業只限於相同錄取批次之間的專業互轉，或高分錄取批次向低分錄取批次，長學制向短學制轉專業；轉專業的基本條件是熱愛祖國，勤學上進，品行端正，身體健康，在讀一年級本科非定向生，非專轉本學生，在校期間無任何違法違紀行爲，未受過任何處分，所學課程平均學分績點排名在本專業前百分之十，可以轉專業。