從嚴謹的的角度來說，結構化學不是物理化學。物理化學是指從物質的物理現象和化學變化的聯繫來探討化學反應的基本規律的學科。主要包括熱力學、相平衡、化學平衡、電解質、可逆電池、電解和極化、動力學、表面化學等等。而結構化學是指在原子、分子水平上研究物質分子構型與組成的相互關係以及結構和各種運動的相互影響的化學分支學科。總的來說，結構化學比物理化學難。
