1、乾燥儲存：香菇無論是鮮香菇還是幹香菇他們的吸水性強，當香菇中水量高時就容易氧化發生黴，造成不易貯存。所以要將香菇乾燥後再進行儲存。儲存容器內可以放入適量的幹木炭或塊狀石灰等吸食溼劑，吸溼防潮。
2、密封儲存：氧化是香菇質變的過程，所以我們要製造出切斷供氧的環境，就可以抑制其氧化變質。我們可用陶瓷缸或鐵罐等可密封的容器來盛放香菇，同時容器應內襯食品袋。在存放的過程中要儘量少開容器口，封口時要排出食品袋內的空氣，當然有條件的可以用抽氧充氮袋貯存。
3、低溫儲存：香菇必須在通風低溫處儲存，最好可把裝香菇的容器密封后放於冰箱或冷庫中儲存。
4、避光儲存：紅外線會使香菇升溫，紫外線會引發光化作用，而加快香菇變質。所以必須避免在強光下儲存香菇，同時也要避免用透光材料進行包裝。
5、單獨儲存：香菇不僅能吸水還具有極強的吸附性，容易竄味，必須單獨貯存，同時不用有氣味揮發的容器或吸附有異味的容器儲存香菇。
