1、液化階段：即由不產甲烷的微生物分泌的胞外酶，對有機物質進行體外酶解，把複雜的固體有機物質轉變爲可溶於水的物質。2、產酸階段：可溶解性物質在產酸細菌的作用下，進一步將分解代謝，生產出各種揮發的脂肪酸。故將此階段稱爲產酸階段。3、產甲烷階段：此階段產甲烷菌大量繁殖，其分泌的酶將分解出來的簡單有機物質轉變成甲烷和二氧化碳等，利用氫還原二氧化碳成甲烷，或利用其他細菌產生的甲酸形成甲烷。
