1、單位不同：涉稅專業服務機構在稅務部門有登記，是受稅務部門監管的專業單位。納稅人稅務登記是納稅人向稅務機關辦理登記的一種手續，是法定手續。2、業務不同：涉稅專業服務機構接受委託，利用專業知識和技能，就涉稅事項向委託人提供的稅務代理等服務。納稅人稅務登記是稅務機關依據稅法規定，對納稅人的生產、經營活動進行登記管理的一項法定製度。納稅服務是政府和社會組織根據稅收法律、行政法規的規定，在納稅人依法履行納稅義務和行使權利的過程中，爲納稅人提供的規範、全面、便捷、經濟的各項服務措施的總稱。
