物質循環的作用是帶動了自然界中的物質發生改變，在很大的程度上就減輕了環境污染。如：
1、碳循環：由二氧化碳倍植物吸收變成有機性碳，在經過食物鏈轉移到動物中，植物和動物的呼吸作用產生二氧化碳，動物和植物的排泄物和殘體又回到了自然界中，由於腐化作用，殘體分解變成很多的有機物於自然界，經過了微生物的降解，有產生了二氧化碳。這是碳循環，腐化作用和微生物的作用都在環境保護中起着重要作用等。
2、氮循環：是有固氮菌等微生物將大氣的氮氣固定，生產有機氮，在植物中的稱爲植物性氮，經過食物鏈變成動物性氮，殘體和排泄物等將氮素放回大自然，經過了氨化作用，及硝化細菌和反硝化細菌等微生物又將這些氮素轉化爲了氮氣，這就是一個循環氨化作用，硝化作用和反硝化作用都在環境保護中起着重要作用。
3、磷循環：就是自然界中的磷被雨水或則淋溶作用而變成磷離子溶液被植物吸收，再經過食物鏈，動物吃到殘體和分泌物回到大自然，經過了聚磷菌對於磷的吸收作用可以將環境中的磷除去。磷循環中，聚磷菌在環境保護中有重要作用。
