種子發芽是先長根後子葉伸出，通常所說發芽實際看到的是胚根。因此發芽期間子葉沒有伸出，無法光合作用，不需要光，另外種子有子葉等貯藏營養的器官貯藏有大量營養，無需光合作用提供營養。所以發芽無需光。
光色素種類
葉綠體是光合作用的場所類囊體中含兩類色素：葉綠素和橙黃色的類胡蘿蔔素（胡蘿蔔素和葉黃素），通常葉綠素和類胡蘿蔔素的比例約爲3：1，chla與chlb也約爲3：1，在許多藻類中除葉綠素a、b外，還有葉綠素c、d和藻膽素，如藻紅素和藻藍素；在光合細菌中是細菌葉綠素等。
葉綠素a、b和細菌葉綠素都由一個與鎂絡合的卟啉環和一個長鏈醇組成，它們之間僅有很小的差別。類胡蘿蔔素是由異戊烯單元組成的四萜，藻膽素是一類色素蛋白，其生色團是由吡咯環組成的鏈，不含金屬，而類色素都具有較多的共軛雙鍵。
全部葉綠素和幾乎所有的類胡蘿蔔素都包埋在類囊體膜中，與蛋白質以非共價鍵結合，一條肽鏈上可以結合若干色素分子，各色素分子間的距離和取向固定，有利於能量傳遞。類胡蘿蔔素與葉黃素能對葉綠素a、b起一定的保護作用。
