一是監管理念不同，從貨物管理轉變爲企業管理；二是貿易的開放度不同，實行與國際接軌的多元貿易模式；三是政策的開放度不同，主要體現在投資管理和外匯政策。保稅區是貨物一旦進入到這個區域，就要受到海關的監管。而自貿區的正常貿易，海關是不會干涉的，貨物的自由買賣、儲存等都不受海關的監管。
