1、形態特徵不同。
荊芥穗：本品穗狀輪傘花序呈圓柱形，長3～15cm，直徑約7mm。花冠多脫落，宿萼黃綠色，鐘形，質脆易碎，內有棕黑色小堅果。氣芳香，味微澀而辛涼。
紫蘇：多年生植物。莖堅強，基部木質化，多分枝，高40-150釐米，基部近四棱形，上部鈍四棱形，具淺槽，被白色短柔毛。
2、產地不同。
荊芥穗：全國大部分地區均產，主產於江蘇、浙江、江西等地。
紫蘇：產新疆，甘肅，陝西，河南，山西，山東，湖北，貴州，四川及雲南等地；自中南歐經阿富汗，向東一直分佈到日本，在美洲及非洲南部逸爲野生，模式標本採自歐洲。
