鳳頭鸊鷉是國家三級保護動物。鳳頭鸊鷉分佈範圍廣，不接近物種生存的脆弱瀕危臨界值標準，而且鳳頭鸊鷉的種羣數量趨勢穩定，因此被評價爲無生存危機的物種。鳳頭鸊鷉主要繁殖在黑龍江、吉林、遼寧、內蒙古、河北北部、甘肅、寧夏、青海和西藏等省和自治區，越冬時則經過河北、河南、山西、陝西等省，遷往西藏南部、雲南、四川、安徽，以及長江以南、東南沿海和臺灣島等廣大地區，有一部分鳳頭鸊鷉也在中國東北的遼東半島和東部沿海一帶越冬。
