因爲豆類含有蛋白酶抑制劑，能夠抑制多種蛋白酶對食物蛋白質的分解作用，使蛋白質不能被人體完全吸收，影響蛋白質吸收。如果長期生食豆類食物，則會引起蛋白質營養不良症，表現爲皮膚粗糙、彈性差、毛髮稀疏、變色，表皮產生有色斑點等症狀。
若生吃四季豆和扁豆則會中毒，因爲他們含有兩種毒素：紅細胞凝集素和皁素。它們對胃腸道具有刺激性，可以使人體紅細胞發生凝集和溶血。這兩種毒素並不可怕，若將其加熱至100℃以上，使四季豆徹底煮熟，其毒素將被破壞。但若未燒熟，則不能破壞它們，食用會引起中毒。食用未燒熟的豆漿引起食物中毒的事件也常發生，同樣是因爲生大豆或生豆漿中含皁甙和胰蛋白酶抑制素等毒素。
