鱷龜在年齡很小，尤其是處於幼龜階段的時候，是無法區分公母的，因爲此時公母的區別特徵還不顯著。一般要在鱷龜體重1kg以上的時候，可以區分出公母。公龜和母龜的腹甲有很大的差異，如果腹甲有明顯的凹陷痕跡，那麼就是公龜。如果是看起來比較平坦、光滑，那麼就是母龜。
公龜和母龜的尾巴也有很大的區別，公龜的尾巴一般會比較長，而且比較粗大。母龜正好相反，比較短，也比較細小。它們排泄孔形狀的區別是，母龜的排泄孔是圓形的，公龜的排泄孔則是細長的。排泄孔跟腹甲的距離也是有差異，公龜的排泄孔距離腹甲是比較遠，母龜的排泄孔距腹甲則比較近。
鱷龜的年齡還比較小的時候，可以將公龜和母龜放在一起養，在它都成年了之後，最好不要放在一起養，它們的體型比較大，需要一個非常大的容器，不然空間就會不足，不利於它們的生長髮育。
