①使用發票不同。小規模納稅人銷售只能使用普通發票，不能使用增值稅專用發票，購買貨物與一般納稅人相同，可以收普通發票也能收增值稅專用發票，二者收取增值稅專用發票後賬務處理不同.一般納稅人按價款部分入成本，稅款部分入"應交稅金--應交增值稅--進項稅額"賬戶；小規模納稅人則按全額進入成本。
②應交稅金的計算方法不同。一般納稅人按"抵扣制"計算稅金，即按銷項減進項後的餘額交稅.小規模納稅人按銷售收入除於（1+適用稅率）後的金額再乘稅率計算應交稅金，工業6%，商業4%。
③稅率不同，一般納稅人分爲0稅率、13%稅率、17%稅率。小規模納稅人，商業企業按4%；工業企業按6%，（免稅的除外）。
