常見的鹼基:腺嘌呤(A)、鳥嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)四種。鹼基是指嘌呤和嘧啶的衍生物，是核酸、核苷、核苷酸的成分。DNA和RNA的主要鹼基略有不同，其重要區別是:胸腺嘧啶是DNA的主要嘧啶鹼，在RNA中極少見;相反，尿嘧啶是RNA的主要嘧啶鹼，在DNA中則是稀有的。
除主要鹼基外，核酸中也有一些含量很少的稀有鹼基。稀有鹼基的結構多種多樣，多半是主要鹼基的甲基衍生物。tRNA往往含有較多的稀有鹼基，有的tRNA含有的稀有鹼基達到10%。嘌呤和嘧啶鹼基是近乎平面的分子，相對難溶於水:在約260納米的紫外光區有較強的吸收。
