西安不是秦朝的首都，秦朝的首都是今陝西咸陽。今天的陝西省咸陽市是秦朝乃至當時整個中國的首都。當時秦始皇築長城的最重要一個原因是防止北方民族攻入內地，保衛首都咸陽。在古代大城市咸陽市的南郊有一個小村莊，叫做長安村，秦朝滅亡後項羽火燒了咸陽的阿房宮，咸陽成爲了一座廢都。後來漢朝在咸陽的長安村一帶發展起來，才慢慢發展成了古長安，再發展到今天的西安市的區域。
秦孝公十二年(前350)，秦國大良造商鞅爲了深化其改革，擺脫舊貴族勢力的干擾，提議都城由雍城(今寶雞市鳳翔縣境內)遷至新建成的咸陽城(今咸陽市渭城區境內)，得到秦孝公支持。次年，秦國正式遷都咸陽。至公元前206年秦朝滅亡，咸陽作爲秦都共計144年。據考古發掘，秦咸陽城的中心位置位於今渭城區窯店鎮牛羊村一帶。
