剛果河流域處於熱帶雨林氣候區，終年多雨，年降水量大。而尼羅河流經流經熱帶草原氣候區和熱帶沙漠氣候區，降水量少，蒸發量大，流量相對較少；剛果河中游處於剛果盆地，地勢低平，接納支流較多。而尼羅河流經高原，接納支流較少，流經沙漠，部分河水蒸發下滲；剛果河流經地區，人口較少，需水量少。而尼羅河流經流經國家多，工農業用水量大。
