商標合同風險主要存在以下幾點：
1、一個商標兩次轉讓商標轉讓人與第一個受讓人締結商標轉讓合同之後，隱瞞上述事實又與第二個受讓人締結商標轉讓合同，從合同的角度分析，首先第一個商標轉讓合同成立並生效，而第二個合同則屬於可撤銷的合同，如果第二個商標受讓人知道商標轉讓人所隱瞞的事實後，並不行使撤銷權，則第二個商標轉讓合同也有效。
2、待轉讓的商標已經設置了負擔有的準備轉讓的商標已經被商標權利人設置了質押、或者已經被許可給其他人使用(並在商標局備案登記)、或者已經被其他人提出撤銷申請等，上述負擔會嚴重影響到商標的順利轉讓。
3、待轉讓的商標已經到期而未續展的商標受讓人在受讓商標之前，一定要查詢確認該商標的使用期限，使用期限在註冊證上有註明。
【法律依據】
《商標法實施條例》第四十三條規定：許可他人使用其註冊商標的，許可人應當自商標使用許可合同簽訂之日起3個月內將合同副本報送商標局備案。
