楊凌職業技術學院的二級學院有：水利工程、建築工程、交通與測繪工程、機電工程、電子與信息工程、經濟與貿易、旅遊與管理、生物工程、生態環境工程、藥物工程、動物工程、公共課教學部等12個系部和繼續教育與培訓學院。專業有：生物技術及應用、水利水電建築工程、園林工程技術、畜牧獸醫、建築工程技術、機電設備運行與維護、生物製藥、經濟管理、旅遊管理等52個高職專業。
