1、低溫保存
建議放入冰箱保鮮層。益生菌的活性會隨着溫度升高而提升並進入發酵過程，長時間常溫保存容易造成產品口味變化。當溫度超過60℃時，益生菌會進入衰亡階段。因此，益生菌產品最好是在冷藏條件下取出後直接食用，避免高溫加熱。
2、避光保存
避免在溫度太高或者直射光下保存，這樣會引起裏面活菌過度發酵，口味變酸，效果受影響。
3、注意保質期保存
益生菌的活性隨着溫度升高會進入發酵過程，長時間保存益生菌會容易造成口感的變化，一定要注意生產日期保質期，一般來說，益生菌食品，保質期在1個月內，冷藏溫度應控制在2℃-10℃左右。如果是單獨的益生菌，那麼一定要在保質期內吃完。
益生菌的自身結構如肽聚糖、脂磷壁酸等成分可作爲抗原直接發揮免疫激活作用，或者通過自分泌免疫激活劑，刺激宿主免疫系統，從而提高動物的免疫力，增強機體固有免疫細胞和自然殺傷細胞的活性，激活樹突狀細胞，刺激機體產生細胞因子，並刺激B細胞分泌抗體，益生菌可刺激腸道產生分泌性球蛋白A（SIgA），保護機體健康。
