微量元素肥料即作基肥、種肥或追肥時把微量元素肥料施入土壤。這種施法雖然肥料的利用率較低，但有一定的後效。含微量元素的工業廢棄物和緩效性微肥常採用這種施肥方法。
微量元素包括硼、鋅、鉬、鐵、錳、銅等營養元素。雖然植物對微量元素的需要量很少，但它們對植物的生長髮育的作用與大量元素是同等重要的，當某種微量元素缺乏時，作物生長髮育受到明顯的影響，產量降低，品質下降。另一方面，微量元素過多會使作物中毒，輕則影響產量和品質，嚴重時甚至危及人畜健康。隨着作物產量的不斷提高和化肥的大量施用，對微量元素肥料的施用逐漸迫切。在微量元素肥料中，通常以鐵、錳、鋅、銅的硫酸鹽、硼酸、鉬酸及其一價鹽應用較多。
