增值稅一般納稅人進口貨物取得增值稅扣稅範圍的海關繳款書，應當在開具之日起90天內向主管稅務機關報送海關完稅憑證抵扣清單(包括紙質資料和電子數據)申請稽覈比對，逾期未申請的不予抵扣進項稅額。每月申報期內，稅務機關向納稅人提供上月海關進口增值稅專用繳款書稽覈結果通知書。對稽覈結果爲相符的海關繳款書，納稅人應在稅務機關提供稽覈結果的當月申報期內申報抵扣，逾期不予抵扣。納稅人從稅務機關拿到稽覈結果清單數據後，可導入電子申報軟件，形成申報表進行納稅申報。屬於納稅人數據採集錯誤且在報送期限(開具之日起90天)內的海關繳款書，納稅人可重新通過電子申報軟件採集報送;超過報送期限的，納稅人可在稅務機關提供稽覈結果的當月填寫稽覈異常海關進口增值稅專用繳款書覈對申請表向主管稅務機關申請數據修改，再次稽覈比對。逾期未申請數據修改的不予抵扣進項稅額。
