生態系統具有穩定性，多樣性，整體性，層次性和開放性。生態系統的穩定性指的是生態系統所具有的保持或恢復自身結構和功能相對穩定的能力，生態系統穩定性的內在原因是生態系統的自我調節。
地球最大的生態系統是生物圈；最爲複雜的生態系統是熱帶雨林生態系統，人類主要生活在以城市和農田爲主的人工生態系統中。生態系統是開放系統，爲了維繫自身的穩定，生態系統需要不斷輸入能量，否則就有崩潰的危險；許多基礎物質在生態系統中不斷循環，其中碳循環與全球溫室效應密切相關，生態系統是生態學領域的一個主要結構和功能單位，屬於生態學研究的最高層次。
生態系統多樣性是指不同生境、生物羣體以及生物圈生態過程的總和。它表現爲生態系統結構多樣性以及生態過程的複雜性和多變性。保護生態系統多樣性尤爲重要，因爲無論是物種多樣性還是遺傳多樣性。都是寓於生態系統多樣性之中，生態系統多樣性保護直接影響物種多樣性及其基因多樣牲。
