夫妻分居離婚程序一般有協議離婚和訴訟離婚：
1、協議離婚程序有當事人提交相關材料、填寫離婚登記聲明書，婚姻登記員對當事人提交材料進行審查，符合離婚條件的，表頒發離婚證；
2、起訴離婚程序有當事人起草起訴狀；準備證據；向有管轄權的法院遞交起訴狀和證據；繳納訴訟費用；等待人民法院開庭通知。
法律依據：
根據2021年1月1日起生效施行的《民法典》第一千零七十六條
夫妻雙方自願離婚的，應當簽訂書面離婚協議，並親自到婚姻登記機關申請離婚登記。
離婚協議應當載明雙方自願離婚的意思表示和對子女撫養、財產以及債務處理等事項協商一致的意見。
第一千零七十八條
婚姻登記機關查明雙方確實是自願離婚，並已經對子女撫養、財產以及債務處理等事項協商一致的，予以登記，發給離婚證。
