揚州大學是全國首批具有博、碩士學位授予權的研究生培養單位。近年來，該校學位點建設成效顯著，研究生教育規模快速增長，形成了多層次、多類型的培養體系。揚州大學研究生院下設綜合辦公室、招生辦公室、學位與培養辦公室、專業學位教育辦公室、教育管理與就業指導辦公室等5個辦事機構。目前，全校在籍研究生近8000人，擁有一級博士點11個，一級碩士點43個；二級博士點53個、二級碩士點225個；博、碩士專業學位14種。先後有4篇論文獲全國優秀博士論文，5篇論文獲全國優秀博士學位論文提名獎。
