南京財經大學研究生教育始於2004年，經過十多年的發展，研究生規模不斷擴大，目前具有經濟學、法學、文學、理學、工學、管理學等多個碩士學位授予門類。學校擁有碩士生導師450餘名，在校研究生2300餘人。2013年學校《現代糧食流通產業發展與政策人才培養項目》通過國務院學位委員會審批，開始招收應用經濟學一級學科博士研究生，目前在校博士研究生16人。至此，我校基本形成一個從碩士到博士，從學術型到應用型，從全日制到非全日制MBA、MPA、MPACC等多層次的完整的研究生教育體系。
2017年10月，成立南京財經大學研究生院。截至2017年10月，我校共授予博士學位4名，碩士學位4489名。
