通過合成與單鏈DNA互補的多核苷酸鏈，由於合成的互補鏈可在不同位置隨機終止反應，產生只差一個核苷酸的DNA分子，從而來讀取待測DNA分子的順序。核酸模板在覈酸聚合酶、引物、四種單脫氧鹼基存在條件下複製或轉錄時，如果在四管反應系統中分別按比例引入四種雙脫氧鹼基，只要雙脫氧鹼基摻入鏈端，該鏈就停止延長，鏈端摻入單脫氧鹼基的片段可繼續延長，如此每管反應體系中便合成以共同引物爲5端，以雙脫氧鹼基爲3端的一系列長度不等的核酸片段。反應終止後，分四個泳道進行電泳。以分離長短不一的核酸片段，根據片段3端的雙脫氧鹼
