雙脫氧鏈終止法原理是核酸模板在覈酸聚合酶、引物、四種單脫氧鹼基存在條件下複製或轉錄時，如果在四管反應系統中分別按比例引入四種雙脫氧鹼基，只要雙脫氧鹼基摻入鏈端，該鏈就停止延長，鏈端摻入單脫氧鹼基的片段可繼續延長。接着如此每管反應體系中便合成以共同引物爲5’端，以雙脫氧鹼基爲3’端的一系列長度不等的核酸片段。反應終止後，分四個泳道進行電泳。以分離長短不一的核酸片段（長度相鄰者僅差一個鹼基），根據片段3’端的雙脫氧鹼基，便可依次閱讀合成片段的鹼基排列順序。
