蝙蝠在世界各地的生態系統中扮演着關鍵角色，特別是在熱帶地區。歐洲絕大多數種類的蝙蝠幾乎只吃昆蟲。而在熱帶雨林中有蝙蝠以水果和花蜜爲生，這些蝙蝠通過這種方式幫助花卉傳粉和播種。許多植物依賴它們進行繁衍，因此，如果其種羣下降，熱帶雨林的自然更新就會受到威脅。
蝙蝠傳粉還給人類帶來直接好處。沒有蝙蝠就沒有龍舌蘭酒，它們幫助龍舌蘭傳粉，特別是那些用於釀造酒精飲品的品種。它們攜帶野生植物的花粉，從而維持植物間相互傳粉和基因多樣性，並令其更能抵抗環境變化。它們捕食昆蟲可爲每公頃的農場節省約200美元的殺蟲劑費用。根據美國《科學》週刊刊登的一篇研究，白鼻綜合徵對北美蝙蝠數量的影響可能意味着每年約37億美元的經濟損失，如果算上減少使用殺蟲劑給環境帶來的益處的話。
