根據《清史》所載，順治帝因染天花而不治身亡。
公元1661年的正月八年級，順治帝福臨安排吳良輔出家爲僧。這天他親臨憫忠寺觀看吳良輔出家儀式。歸來的當晚即染上天花，發起高燒來。他預感病體沉重，勢將不支，初六日深夜急召禮部侍郎兼翰林院掌院學士王熙及原內閣學士麻勒吉入養心殿，口授遺詔。王熙、麻勒吉二人退至乾清門下西圍屏內，以初七一天的時間撰擬。一共三次進給皇上預覽，皇帝三次親自斟酌，剛到晚上才決定。當夜，年僅二十四歲的順治帝與世長辭了。
順治帝駕崩後，麻勒吉及侍衛賈卜嘉二人手捧遺詔去奏知皇太后，馬上向諸王貝勒貝子公大臣侍衛等人宣佈。遺詔立八歲的皇三子愛新覺羅·玄燁爲皇太子，繼帝位，命索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鰲拜爲輔政大臣。此外，其遺體放在了景山壽皇殿。四月十七日，由再次進京的茆溪行森執行火化儀式。火化後安葬於遵化馬蘭峪，是爲孝陵。廟號世祖，諡號章皇帝，後世累有尊諡，至乾隆元年尊諡爲：體天隆運定統建極英睿欽文顯武大德弘功至仁純孝章皇帝。
