海膽一般都有毒的，在食用之前需要進行一系列的去毒工作，科學合理的食用可以預防中毒；在海膽中有兩種產生毒素的器官：叉棘和棘，在生殖季節攝食海膽的生殖腺和卵巢或被棘或叉棘鰲刺會引起中毒，已報道過的白棘三列海膽、球海膽、毒海膽、石筆海膽等數十種海膽都是有毒的，海膽毒素的作用各不相同，有的對動物可引起呼吸困難、肌肉麻痹、抽搐以至死亡，有的對動物紅細胞有溶解作用，並能引起心臟的激活和使肌肉對非直接性刺激不起反應，具有潛在的藥用價值。
