兩處發放工資薪金的單位應按照《個人所得稅扣繳申報管理辦法（試行）》（國家稅務總局公告2018年第61號）的規定，各自按照累計預扣法預扣預繳個人所得稅。
根據《個人所得稅法實施條例》的規定，納稅人同時從兩處以上取得工資、薪金所得，並由扣繳義務人減除專項附加扣除的，對同一專項附加扣除項目，在一個納稅年度內只能選擇從一處取得的所得中減除。
也就是說，對於從兩處以上取得工資薪金的個人的專項附加扣除可以選擇所有項目在一處扣除，也可以選擇將不同的項目在不同單位扣除，但一經選擇，一個納稅年度不能變更。
對於從兩處以上取得工資薪金的個人，因爲兩處扣繳義務人在進行累計預扣時都扣除了減除費用，如果收入額減除專項扣除後的餘額超過6萬元，應進行彙算清繳並補稅。
但是在11月20日召開的國務院常務會議提出，暫定兩年內對綜合所得年收入不超過12萬元或年度補稅金額較低的納稅人，免除彙算清繳義務。
