1、感染
這類種植牙的危害多因手術區或手術器械污染以及其它併發症誘發感染。
2、牙齦增生
種植牙由於基臺穿齦過少，或基臺與橋架連接不良，造成局部衛生狀況差，長期的慢性炎性刺激可致牙齦增生。因此，這也是屬於種植牙的危害之一。
3、下脣麻木
種植牙的技術到位，是不會損傷到神經的，因爲牙槽骨的下面就是神經，叫下牙槽神經，如果是把種植體到在後面，就會把那個神經破壞，所以爲了保護神經，就把它種在神經的前面。
4、竇腔粘膜穿通
上頜種植牙時，由於骨量不足，種植牙的危害容易穿通上頜竇或鼻底粘膜，勢必造成種植體周圍感染，因及時去除。
5、出血
種植牙是一種微創手術，種完牙齒後，應該是沒有出血的。這時由於種植牙的技術不到位所致的，因種植牙對牙周組織還是有一定的損傷的，如果牙醫在粘骨膜剝離時損傷大或粘膜下剝離廣泛，尤其是術後壓迫不良，均易發生粘膜下或皮下出血。
