福建淡水魚類共有241種，佔全省魚類總數的29.5%。其中純淡水種類187種，迴游性魚類15種，河口性魚類39種。福建淡水魚類資源豐富，僅特有種類就佔14種。福建省的中華鱘和胭脂魚均列爲國家重點保護的珍稀動物。部分種類如下：
1、中華鱘，體呈梭形，溯河產卵的迴游性魚類。平時棲於近海，春夏生活於河口，秋季生殖季節親魚成批上溯長江、西江上游產卵。該種爲大型經濟魚類，系國家2級保護的珍稀動物，見於福建沿海。
2、胭脂魚，俗稱雷公魚。體側扁，背部隆起，成熟個體呈胭脂紅色。爲江河中下層魚類，攝食底棲無脊椎動物及藻類，大者重達30餘千克，系國家2級保護的珍稀動物。分佈於閩江中上游。
3、鰣，俗稱鰣刺。體呈長橢圓形，有迴游習性，生殖季節親魚入閩江口產卵。該魚肉質細嫩，味道鮮美，素被譽爲名貴的食用魚。分佈於沿海及閩江口。
