環境工程專業碩士點院校主要有:1、清華大學;2、南京大學;3、北京工業大學;4、同濟大學;5、山東大學;6、北京師範大學;7、哈爾冰工業大學;8、華中科技大學;9、上海大學;10、西安建築科技大學;11、武漢大學;12、四川大學;13、上海交通大學;14、中國海洋大學。