化工、紡織印染、黑色冶金是重點污染行業，在網箱養殖過程中，投入到太湖中的肥料、藥、畜禽糞便、水產餌料中只有一小部分被魚類利用，其餘養殖業、秸稈、村莊生活污水沉入湖底，污染水質；太湖流域地區隨着工業化、城市化進程的加快，區域內人口劇增，產生的生活污水量較之以前迅速增大。且排污管道鋪設不健全，處理沒施跟不上城市化進程的步伐，致使污水未經處理或只經過簡單的處理，就排入到太湖中；太湖水域捕魚的船隻衆多，現在的捕魚船多是用柴油作爲動力，燃燒不充分，產生的氣態顆粒污染物隨風飄落到太湖中，污染水體。且船隻老化，廢油滴漏