電視劇《祕殺名單》圍繞國民黨和共產黨爭奪一份祕殺名單的故事展開。
1949年，國民黨保密局副局長嚴敬堯聯合一批人制定了一份“祕殺名單”，名單上都是寫有起義傾向或者聯共傾向的國民黨高級軍官的名字，還有些國統區的愛國人士，國民黨打算將這些人全部除掉。
共產黨得知這個消息後，聯繫潛伏在國民黨的地下黨員沈劍秋，要他務必找到這份祕殺名單，保護好名單上的人。沈劍秋潛伏在國民黨數年，已經是國民黨上海中心局情報處處長了。
國民黨保密局上海中心局局長嚴敬堯、副局長方汝州、保密局特工葉夢馨、特工林怡等人都很關注這份祕殺名單，每個人都有自己的小祕密。
葉夢馨是沈劍秋母親的養女，從小暗戀沈劍秋，可沈劍秋喜歡的是女軍醫夏冰。林怡喜歡的畫家陶公亮是國民黨桂系安插在共產黨上海分部的臥底，可陶公亮喜歡的人是沈劍秋小妹沈若蘭，幾個年輕人因爲愛情鬱郁不得志。
祕殺名單被國民黨嚴密保護起來，林怡被委以保護祕殺名單的重任，可共產黨、國民黨中有意向投靠共產黨的人和上海青幫都盯着這份祕殺名單，終於成功保護了名單上的大多數人。
