1、計時引爆摩天樓：新一收到了來自世界知名建築家，森谷教授於其宅邸舉行的晚會的請帖。柯南、小蘭和小五郎應邀出席，此即爲事件的開端。此後發生了作爲特殊火藥的塑膠炸彈大量失竊的案件，那個自稱兇手的男子打來預告電話，與柯南展開博弈，犯人再次向那裏打電話。隨後，兇手連續發來炸彈預告。城市陷入了恐慌。
2、迷宮的十字路：春天，櫻花的季節。東京、大阪、京都的5名男子遭到殺害。5人是屢次盜竊佛像、美術品的“盜賊團源氏螢”的成員，相互以義經和他的隨從的名字稱呼。警視廳的目暮警部一行人、大阪府警大瀧警部、京都府警綾小路警部開始聯合調查。與此同時，小五郎接到某個寺院的委託，與柯南等人一同到達了京都。東、西名偵探柯南、平次，齊心協力化解挑戰。
