名偵探柯南原名工藤新一，是一個高中生名偵探，在一次追查一個穿黑衣歹徒行徑時，被設計強迫吃下毒藥而致身體縮小成一個國國小生模樣，爲了使自己身體回覆原狀，計誘歹徒現身找到解藥，工藤新一於是開始設法隱藏身份。
有一天他在阿笠博士的家中恰好看到了書架上的江戶川亂步 全集，而他爸爸又是柯南道爾的書迷，於是靈感一動，就以江戶川柯南之名來掩飾身份。他住進女友小蘭家裏，想找出那些害他變小的黑衣人，又結識吉田步美等人，組成少年偵探團，並與大阪的高中生偵探服部平次成爲好友。後藥物設計者與他同樣變小的灰員哀也加入進來，至今仍在尋找黑衣組織。
