《祕殺名單》結局是沈劍秋將祕殺名單安全送達北平，林怡被葉夢辛開槍打死，沈劍秋被陶公亮開槍打死，葉夢辛又開槍打死了陶公亮。
天亮了，正當姜哲熙在二師院子裏，向所有人情緒激動、慷慨陳詞之際，躲在遠處房頂上的林怡，手握着狙擊步槍，已經扣動了板機。沈劍秋的脖子挺了一下，鮮血流了下來。正當沈劍秋蹲下身，尋找開槍人的時候，葉夢辛卻發現遠處屋頂上有光亮一閃，這時葉夢辛猛地撲向沈劍秋。這時槍聲又響，一股血花從葉夢辛的後胸噴射出來，正當院裏的所有士兵都舉槍衝正在屋頂上的林怡射擊，但卻打不着的時候，沈劍秋拿過士兵手中的一支步槍，瞄準了遠處正要邁上黑色轎車的林怡，扣動了板機。
林怡在負重傷後，開槍自殺。此時的葉夢辛，嘴裏流着血，臉色蒼白地躺在了沈劍秋的懷裏：哥我多麼懷念我們小時候在一起的時光。此時此刻的沈劍秋，緊緊地抱着葉夢辛。特務營長手拎黑色皮箱和拿着一個牛皮紙信封來到姜軍長的跟前。
姜哲熙在看不懂印有國民黨微、並帶有絕密二字的文件時，問在旁邊的趙子蘭，爲什麼在絕密文件上還有世傑和子清他們的名字，趙子蘭看了看文件後，向姜軍長解釋：這就是保密局出籠的祕殺名單，凡是被列入到名單上的人，都會被用紅筆，一個一個地勾掉。姜哲熙十分震驚地擡起了頭。
