九寨溝的湖水呈現豔麗的藍綠色，說明湖水中短波長的散射遠大於長波長，這就是瑞利散射效應。瑞利散射效應在九寨溝的湖水中之所以尤爲突出，主要是因溝內植被鬱閉度高、水循環條件較暢通以及石灰華對懸移質的固定作用，從而使水中懸浮物、有機物、浮游生物極少，湖水的潔淨度和透明度極高。由於湖水透明度高，湖底的灰白色鈣華、黃綠色藻類對透射光的選擇性吸收和反射，也增加了湖水色彩的層次和變化。另外，九寨溝的湖泊處於地形起伏很大的深切峽谷中，不同地段同一時間、同一地段不同時間，太陽光的入射角及入射量、湖水錶面對光的反射狀況和湖水的透明度都有很大的變化，因此也造成了湖水色彩的更加變幻多姿。