因爲雲貴地區是偏遠地區，比較荒涼，經濟比較脆弱，比較貧窮。相對而言，雲貴總督在清朝九大封疆大吏中，地位比較低下。
雲貴總督，正式官銜爲總督雲南，貴州兩地提督軍務、糧餉兼巡撫事，是清朝九位最高級的封疆大臣之一，總管雲南、貴州兩省的軍民政務。
順治十六年，設立經略，然後改設總督。 康熙元年，分別設立雲南總督，總督府駐曲靖；貴州總督，總督府駐安順。 康熙三年，取消雲南總督，由貴州總督兼任，總督府遷貴陽。 康熙十二年，又恢復雲南總督，總督府仍駐曲靖。 康熙二十六年，雲南總督府遷雲南府。 雍正十年，雲貴總督兼轄廣西。 雍正十二年，雲貴總督恢復掌管兩省。 光緒三十一年，雲貴總督兼任雲南巡撫。
