因在清代白蓮教分教衆多，領導衆多，所以在清代沒有確切的教主。
白蓮教的組織到了清代分佈很廣，黃河上下，大江南北到處都有，尤其是直隸、山東、山西、湖北、四川、陝西、甘肅、安徽等最爲活躍。各階層人民踊躍參加，在農村中則有“鄉約吃教”，在城鎮、集市則有“差役書辦吃教”。當時教門派別很多，有清茶門教、牛八教、十字教、焚香教、混元教、紅陽教、白陽教、老君門教、大乘教、清香教、圓頓教、八針教、大陽教等五花八門，其少許多教派都是白蓮教的支派。白蓮教擁有的羣衆最多，影響最大。它本身又分爲許多別支，各以教主、首領爲中心，組織相當複雜。
領導人的名稱也很多，有“祖師”、“師父”、“老掌櫃”、“少掌櫃”、“掌教元帥”、“先鋒”等等。它的這種組織形式，適應於祕密傳教，分散活動。
